Le plan comptable est un document réglementé qui précise les règles de tenue de comptes et fournit une liste précise de comptes à utiliser pour enregistrer les écritures comptables, numérotés selon différentes "classes" ; ce document est différent selon les types d'organisation et les secteurs d'activité.

Les comptes comme les plans comptables sont entièrement personnalisables dans Paheko. Le logiciel propose par défaut le plan comptable associatif le plus récent, auquel nous apportons les modifications légales au fur et à mesure de leur publication.

Plusieurs autres plans comptables sont disponibles sur Paheko, qu'on peut installer sur son compte ; on peut aussi importer son propre plan comptable personnalisé.